Λόγω της μεγάλης συσσώρευσης των ενοχλητικών πτηνών, εκτός των ζημιών που μπορούν να προκαλέσουν σε υλικά ή μηχανήματα των εκάστοτε εγκαταστάσεων, μπορούν να είναι και αρκετά βλαπτικά για την υγεία των εργαζομένων ή των πελατών.

Ποιο συγκεκριμένα οι μεγαλύτεροι κίνδυνοι για την υγεία από περιττώματα των ενοχλητικών πτηνών είναι οι εξής:

Σαλμονέλωση : Τα είδη σαλμονέλας είναι ενδοκυτταρικά παθογόνα, ορισμένοι οροτυπίες που προκαλούν ασθένεια. Οι μη φοιτοϊκοί οροτυπίες μπορούν να μεταφερθούν από ζώο σε άνθρωπο και από άνθρωπο σε άνθρωπο. Συνήθως εισβάλλουν μόνο στο γαστρεντερικό σωλήνα και προκαλούν σαλμονέλωση. Μια βακτηριακή λοίμωξη από σαλμονέλα προκαλεί γαστρεντερικά συμπτώματα, συμπεριλαμβανομένης της διάρροιας, του κοιλιακού άλγους, της ναυτίας και του εμετού.

Ιστοπλάσμωση : Η ιστοπλάσμωση είναι ένας τύπος πνευμονικής λοίμωξης. Προκαλείται από την εισπνοή histoplasma capsulatum μυκητιασικά σπόρια. Αυτά τα σπόρια βρίσκονται στο έδαφος και στα περιττώματα των νυχτερίδων και των πουλιών. Τα συμπτώματα αυτής της λοίμωξης ποικίλλουν σημαντικά, αλλά η ασθένεια επηρεάζει κυρίως τους πνεύμονες. Περιστασιακά, επηρεάζονται και άλλα όργανα, αυτό ονομάζεται διάχυτη ιστοπλάσμωση, και μπορεί να αποβεί μοιραία αν αφεθεί χωρίς θεραπεία.

Κρυπτοκτηνκόσονωση : Η κρυπτοκτηνκόσοζηση, είναι μια δυνητικά θανατηφόρα μυκητιασική νόσος. Προκαλείται από Χλαμύδιωση. Τα χλαμύδια psittaci είναι ένα θανατηφόρο ενδοκυτταρικό βακτηριακό είδος που μπορεί να προκαλέσει ενδημική χλαμύδιωση των πτηνών, επιζωοτίες στα θηλαστικά και αναπνευστική ψιττάκωση στον άνθρωπο. Οι πιθανοί οικοδεσπότες περιλαμβάνουν άγρια πτηνά και οικόσιτα πουλερικά, καθώς και βοοειδή, χοίρους, πρόβατα και άλογα. Η ψιττάκωση μεταδίδεται με εισπνοή, επαφή ή κατάποση μεταξύ πτηνών και θηλαστικών. Η ψιττάκωση στα πτηνά και στον άνθρωπο συχνά ξεκινά με γριππώδη συμπτώματα και γίνεται μια απειλητική για τη ζωή πνευμονία. Πολλά στελέχη παραμένουν στα πουλιά μέχρι να ενεργοποιηθούν από το άγχος.

Γρίπη των πτηνών : Η γρίπη των πτηνών είναι μια ποικιλία της γρίπης που προκαλείται από ιούς προσαρμοσμένους στα πτηνά. Ο τύπος με τον μεγαλύτερο κίνδυνο είναι η υψηλής παθογονικότητας γρίπη των πτηνών (ΓΠΥΠ). Η Γρίπη των πτηνών είναι παρόμοια με τη γρίπη των χοίρων, τη γρίπη των σκύλων, τη γρίπη των αλόγων και της ανθρώπινης γρίπης ως ασθένεια που προκαλείται από στελέχη των ιών της γρίπης που έχουν προσαρμοστεί σε ένα συγκεκριμένο ξενιστή. Από τους τρεις τύπους ιών της γρίπης (Α, Β και Γ), ο ιός της γρίπης Α είναι μια ζωονοσογόνος λοίμωξη με φυσική δεξαμενή σχεδόν εξ ολοκλήρου σε πτηνά.